Один из первых каменных храмов-Спасо-Преображенский собор-был воздвигнут в 1216 году ярославским князем Константином Всеволодовичем, сыном Всеволода III Большое гнездо. Он сгорел при пожаре в начале ХVI века. На месте первоначального собора в 1516 году по повелению Василия III выстроили новый, более крупных размеров.
Спасо-Преображенский монастырь, центральное место в котором занимает Спасо-Преображенский собор, сохранился до наших дней. Восточный фасад собора строг и монолитен, западный-торжественно наряден. Построенная в XVI веке звонница монастыря изменена многими перестройками, и теперь лишь нижний этаж напоминает о том, какой величественной и суровой была она когда-то. Ныне звонница служит прекрасной смотровой площадкой, откуда открывается просторный вид на город, реку Которосль и заречные дали. В каменных стенах монастыря уцелели и некоторые другие древние постройки. К югу запада от собора стоит Трапезная палата с примыкающими к ней церковью Рождества и настоятельскими покоями. Трапезная палата, построенная в XVI веке, была самым большим, прекрасно оборудованным залом для приёма и угощения гостей. Построенная по образцу Грановитой палаты Московского кремля, одностолпная Трапезная и внутри была отделана по примеру московской: стены, своды, и даже проёмы окон были расписаны фресками.
К северу от собора растянулись келейный и семинарский корпуса. Здесь сейчас находится экспозиция Ярославского историко-архитектурного музея-заповедника. Небольшие мрачноватые, обособленные залы с маленькими дверями переносят нас в обстановку давно минувших времён. Стены и башни Спасо-Преображенского монастыря представляют интерес как свидетели боевой славы города.
Монастырь был обнесен могучими крепостными стенами с шестью боевыми башнями. Вплотную к стенам врагу мешал подобраться глубокий ров. До наших дней сохранилось всего две: Богородицкая 1623г. и Угличская 1646г.